Este órgano se ubica en una reducida tribuna en el lado de la Epístola de la iglesia.
El instrumento es obra de Fernando Palomares, quien lo realizó en 1781 y posteriormente restaurado en 1986 por Miguel Angel Avendaño. Está embutido en una caja de estilo barroco que tiene un par de puertas de doble hoja que cubren, al cerrarse, la parte superior de su fachada. Ésta se compone de tres castillos de tubos, siendo el central de mayor tamaño, estando todos sus tubos decorados en la parte del labio.
Bajo los castillos se localiza la consola, de un solo teclado con teclas de tono natural trabajadas y los sostenidos decorados. Sobre éste se dispone un atril y, a ambos lados, un juego de tiradores de registros.
Las transmisiones del teclado y de los registros son mecánicas.
En la parte baja del mueble se aloja el fuelle, que es insuflado por una motobomba instalada en una estancia trasera.
Junto al resto de la tubería interior, se observa una pareja de grandes tubos de madera dispuestos en horizontal para efecto de tambor.
Los laterales de la caja tienen una celosía en su parte superior.
La contrafachada consiste de una serie de paneles abatibles de diferentes tamaños que posibilitan el acceso a diferentes elementos del instrumento.