Al igual que el órgano del lado de la Epístola, se localizada sobre la tribuna elevada sobre la sillería coral, ambos órganos enfrentados.
Fue construido por los hermanos Miguel y Bernabé Llop, quienes lo finalizaron en el año 1668 o algo más adelante, en una caja de Bartolomé de Mendicutía. Son sabidas intervenciones posteriores como la que inició Patricio Furriel en 1798; la realizada por Jean-Baptiste Ghys en 1892, quien amplía su número de registros; en 1922 por parte de Amezúa y Cía; y en 1957 por OESA.
En 2007 vuelve a reformarse, electrificándose, de forma que se instala una consola en el coro, de tres teclados y con grandes posibilidades técnicas, ya que tanto la transmisión como dicha consola están controladas electrónicamente. Como curiosidad, esta consola es ampliamente programable, admitiendo un teclado controlador MIDI externo con el que también se podría ejecutar el órgano, existiendo un ambicioso proyecto para la construcción de una nueva consola que permitiera el uso de ambos órganos de la Catedral.
Actualmente, el instrumento se compone de órgano Positivo (teclado superior), órgano Mayor (teclado medio) y órgano Recitativo (teclado inferior).
El instrumento fue ampliado en sus registros, instalándose los tubos para dicha ampliación a lo largo de la tribuna que rodea el coro, tanto en la parte del Evangelio como en el de la Epístola.
Para describir su fachada principal diríamos que, en su cuerpo medio, pueden observarse tres castillos de doble campo y, a cada lado, otro simple. En su cuerpo alto se localiza un ático de tres castillos coronado por un frontón con el escudo del obispo que fue su precursor, Francisco Alarcón. Destaca la belleza de toda su tubería vista, labrada y policromada, a la vez que todos ellos tienen sus labios decorados con mascarones.
Más abajo, se aprecian los orificios, en una sola fila, de los dos tramos de la trompetería horizontal que poseyó.
La actual batalla es obra de Amezúa y Cía, y se compone de tres hileras en Ave María.
En el cuerpo bajo del mueble también se instalaron tres grupos de tubos descubiertos delante de la antigua consola, la cual fue cegada tras la electrificación del instrumento. Estos tubos intentan seguir con el diseño del resto de su fachada en su policromía.
Todos los tubos de su fachada principal son cantantes, además de los existentes en su parte trasera que da a la nave del Evangelio.
Para el acceso al interior de la caja se utiliza la misma escalera que sube a la tribuna, existiendo unas escaleras de madera interiores que permiten la subida a los distintos niveles de los que se compone el instrumento.
Es utilizado con mucha frecuencia en los actos litúrgicos que tienen lugar en la catedral, así como en conciertos.