Este instrumento se encuentra en una tribuna al pie de la iglesia, en el lado de la Epístola, a la que se accede por medio de una escalera de caracol moderna.
Se trata de un órgano con caja barroca exenta construido por el organero franciscano Fray Francisco Alejo Muñoz, en 1723. En alusión a estos datos, existe en el interior de la caja, sobre la obra, una inscripción y dibujo.
El instrumento se compone de un órgano mayor y otro de cadereta interior, siendo mecánicas sus transmisiones de teclado y de registros. No existen rastro del fuelle que debió poseer.
Sobre su fachada principal, profúsamente decorada, se observan cinco castillos de tubería, siendo de mayor tamaño el central, estando rematada en su parte superior con el escudo de San Pedro rodeado de dos ángeles músicos.
Más abajo quedan los orificios de su desaparecida trompetería horizontal a una fila y los accesos a las arcas de viento.
Su cuerpo inferior acoge una consola en ventana compuesta de dos manuales con su atril, dos juegos de tiradores y una barra en el suelo que activaría la caja de ecos. El teclado superior pertenece al órgano mayor y, el inferior, al de cadereta interior.
El acceso a su interior es posible desde la contrafachada, su lateral izquierdo y por unas puertas frontales.