Se encuentra localizado en el coro alto existente al pie de la iglesia, enfrentado a su altar.
Según una cartela que se encuentra en dicho coro, habría sido fabricado por el organero Antonio Pilat entre los años 1945 y 1948, embutido en una caja que aparenta una línea neoclásica.
En el cuerpo medio del instrumento figuran tres castillos de tubería y una trompetería en W a dos filas, más una tercera fila inferior más estrecha.
Su parte superior la supone un ático con un solo castillo de tubería coronado con un frontón que incluye el escudo de la Hermandad de San Rafael. Toda la cañería mencionada tiene sus labios vistósamente decorados.
Ya, en el cuerpo inferior, se halla su consola en ventana compuesta de dos teclados decorados, dos grupos de tiradores de registros, una rodillera y un conjunto de pisas para los contras. Estas pisas también ser accionadas usando un artilugio que las transforma en un verdadero pedalier.
La caja dispone de puertas laterales para el acceso al interior de la misma.
Las transmisiones de registros y de teclados son mecánicas.
El fuelle también se alberga en el espacio interior, aunque es una motobomba la que se encarga de suministrar aire a un pulmón de aire, también en dicho interior.
El instrumento se compone de órgano mayor y cadereta de espalda, encontrándose el cuerpo de éste último separado del mueble principal, en la misma barandilla del coro alto. La fachada frontal de esta cadereta se compone de tres castillos de cañería, estando en restauración en el momento de mi visita.
El órgano se encuentra operativo, siendo utilizado en ciertas celebraciones litúrgicas.